Pada tahun 1980, Hydraulic Branch di bawah Public Works Department ditubuhkan bagi mengurus kejuruteraan sistem pembetungan. Pada tahun 1995, ia dinamakan sebagai Cawangan Latihan & Perkhidmatan Teknikal. Cawangan Pembetungan telah ditubuhkan pada penghujung tahun 2005, ia merupakan salah satu daripada cawangan di Jabatan Kerja Raya (JKR) melalui penstrukturan baru yang telah dilaksanakan oleh mantan Pengarah Kerja Raya iaitu Datuk Ir Anjin Hj. Ajik. Beliau telah melantik Ir Paul Thien Su On sebagai Ketua Penolong Pengarah (KPP) yang pertama bagi menerajui cawangan ini.
Penubuhan cawangan ini adalah bertujuan untuk memberikan tumpuan kepada pembangunan negeri Sabah melalui pembangunan sistem pembetungan yang bersesuaian dan moden bagi menjaga alam sekitar daripada tercemar, secara tidak langsung ia dapat membantu melindungi sumber air dan meningkatkan taraf kesihatan awam.
Ketua Penolong Pengarah yang kedua adalah Ir Edward Lingkapo yang telah dilantik dari tahun 2011 sehingga 2018. Cawangan Pembetungan telah berkembang di bawah pimpinan Ketua Penolong Pengarah ini dan kini mempunyai jawatan baru diperkenalkan iaitu Jurutera Mekanikal, Jurutera Elektrikal dan Jurutera Kimia serta operator pembetungan, di mana jawatan ini adalah diperlukan bagi meningkatkan prestasi dan kualiti perkhidmatan pembetungan. Pada tahun 2015, kesemua aset pembetungan di bawah Pihak Berkuasa Tempatan (PBT) di seluruh Sabah juga telah diambil alih secara berperingkat oleh Jabatan Kerja Raya melalui Cawangan Pembetungan. Langkah ini selaras dengan hala tuju bagi perkhidmatan pembetungan dikawal selia di bawah satu Agensi/Jabatan.
Ketua Penolong Pengarah yang ketiga adalah Puan Jennieve Peter yang telah dilantik dari tahun 2018 sehingga 2019. Beliau telah dilantik sebagai Pengarah JPP Sabah pada Januari 2020 dan seterusnya JPP Sabah ditubuhkan selaras dengan kelulusan Enakmen Perkhidmatan Pembetungan 2017 di Dewan Undangan Negeri (DUN) Sabah pada 23 November 2017.